Obwohl es heute offensichtlich erscheinen mag, ist es offensichtlich, dass der Mensch seit Jahrtausenden die Tatsache ignoriert hat, dass mikroskopische Organismen bestimmte Krankheiten verursacht haben.
Bis 1600 galt die sogenannte Theorie der spontanen Erzeugung als gültig, wonach einige Organismen spontan aus nicht lebender Materie erzeugt werden können. Das klassische Beispiel sind die Larven, von denen angenommen wird, dass sie aus dem Nichts in einem Stück Fleisch erzeugt werden können.
Der erste, der diese Theorie widerlegte, war Francesco Redi, Leibarzt des Großherzogs der Toskana. Redi legte zwei frische Fleischstücke in zwei getrennte Behälter, ließ den ersten offen und schützte den zweiten mit einer Netzhaut vor Fliegen. Nach ein paar Tagen bemerkte er, dass nur der offene Container von Larven übersät war. Redi zeigte daher, dass die Larven nicht aus dem Nichts entstehen, sondern aus den Eiern der Fliegen.
Die Existenz von Mikroorganismen begann erst im achtzehnten Jahrhundert zu sprechen, dank der Studien des Modenese Lazzaro Spallanzani, der als erster den Begriff "Keim" prägte und in die medizinische Literatur einführte. Die Entdeckung von Bakterien wird jedoch Antony Leeuwenhoek (1632-1723) zugeschrieben, einem Textilhändler mit einer Leidenschaft für Mikroskope.
Leeuwenhoek beobachtete, wie nach dem Zähneputzen "Lebewesen" in den Zahnsteinablagerungen vorhanden waren. Möglich wurde diese Entdeckung durch die Optimierung des von Leeuwenhoek selbst gebauten und anschließend weiter verbesserten optischen Mikroskops.
Das Aufkommen des modernen Mikroskops eröffnete jedoch neue Fragen zur Theorie der spontanen Erzeugung. Tatsächlich schien es nach den ersten Beobachtungen, dass die einfache Einwirkung einer organischen Substanz auf die Luft in kurzer Zeit zur Entwicklung von Keimen auf ihrer Oberfläche führte.
Der französische Biologe Louis Pasteur griff ein, um die Hypothese einer spontanen mikrobiellen Erzeugung zu widerlegen. Pasteur kochte etwas Brühe in einem langhalsigen Glaskolben, der mit einem speziellen S-förmigen Schnabel ausgestattet war, um das Eindringen von Staub (und Bakterien darin) zu verhindern. Pasteur beobachtete, dass dank dieser Vorrichtungen keine Bakterien in der Brühe erzeugt wurden und daher die Keime nicht spontan erzeugt werden.
