Die Diagnose von Botulismus basiert auf der Identifizierung des Clostridium botulinum- Toxins im Labor und auf der Beobachtung klinischer Symptome, auch wenn diese manchmal unspezifisch sind. Die Krankheit kann in der Tat mit Guillain-Barré-Syndrom, Poliomyelitis, Schlaganfall, Myasthenia gravis und Zeckenlähmung verwechselt werden.
Im Lebensmittelbotulismus sind das Bild neuromuskulärer Störungen und die Aufnahme potenziell kontaminierter Lebensmittel wichtige Hinweise. Die gleichzeitige Manifestation bei mindestens 2 Patienten, die dieselbe Nahrung zu sich nahmen, vereinfacht die Diagnose. Die Bestätigung erfolgt durch Isolierung des Mikroorganismus mit dem Kulturtest verdächtiger Lebensmittelproben oder Fäkalien des Patienten und mit dem Nachweis von Botulinumtoxin in Lebensmitteln oder biologischen Materialien (wie Blut, Magensaft und Erbrechen).
Bei Wundbotulismus hingegen bestätigt die Diagnose eines Serumtoxins oder die Isolierung von Clostridium botulinum aus einer Hautläsionsprobe dies.
