Die genaue Herkunft des Marburg-Virus ist noch nicht bekannt. Gegenwärtig wird angenommen, dass die Krankheit, für die es verantwortlich ist, eine Zoonose sein kann, die von einem oder mehreren einheimischen Tieren des afrikanischen Kontinents aufrechterhalten wird. Die bisher durchgeführten Untersuchungen haben es jedoch nicht ermöglicht, das natürliche Reservoir der Krankheit zu identifizieren, obwohl viele Wirbeltiere und Arthropoden analysiert wurden.
Nach Angaben der Weltgesundheitsorganisation gehören Menschen nicht zum natürlichen Kreislauf des Virus, sodass die Ansteckung im Grunde genommen durch zufälligen Kontakt mit einem anderen infizierten Primaten verursacht wird. Tatsächlich wurde die Übertragung durch einige Affenarten dokumentiert, die wahrscheinlich als "amplifizierende Wirte" für das Marburg-Virus fungieren. Darüber hinaus deuten einige Hinweise darauf hin, dass Primaten wiederum durch Exposition gegenüber Fledermäusen infiziert werden können.
