Die Pathogenese untersucht die Entstehung einer Krankheit und die damit verbundene Kette von Ereignissen, die schrittweise morphofunktionelle Veränderungen der Zellen und Gewebe der betroffenen Organe bestimmen. Diese Veränderungen können durch chemische, physikalische oder biologische Einwirkungen (Viren, Bakterien usw.) verursacht werden.
Während die Ätiologie die Ursachen definiert, untersucht die Pathogenese ihre Konsequenzen.
Beim Lesen von medizinischen Texten können wir sie daher in Begriffen wie: mikrobielle Pathogenese, entzündliche Pathogenese, virale Pathogenese, maligne Pathogenese (Tendenz einer Krankheit, im Allgemeinen Tumor, sich fortschreitend zu verschlechtern und möglicherweise tödlich zu werden) begegnen. Viele Krankheiten erkennen unterschiedliche kausale Faktoren (multifaktorielle Ätiologie) und noch zahlreicher sind solche, die durch unterschiedliche Evolutionsmechanismen (multiple Pathogenese) gekennzeichnet sind.